A identificação de genes de interesse econômico pode significar considerável vantagem competitiva em mercados cada vez mais competitivos e globalizados. Genes associados à resistência a pragas, aumento de produtividade e características organolépticas (que podem ser percebidas pelos sentidos humanos, como cor, sabor e textura) valorizadas pelos consumidores são extremamente importantes para a pecuária brasileira. A prospecção deles demanda ferramentas tanto de biotecnologia quanto de bioinformática. Há um considerável número de ferramentas de bioinformática publicamente disponíveis. É necessário, por um lado, realizar a internalização daquelas ferramentas mais avançadas e úteis, e, por outro lado, desenvolver ferramentas de bioinformática que atendam às demandas específicas dos projetos de melhoramento genético dentro do Sistema Embrapa que visem identificar genes de interesse pecuário.