O Brasil é um dos cinco maiores produtores de algodão do mundo. O crescimento da área plantada no Cerrado gerou grandes desafios para a cotonicultura nacional, como a necessidade de contínuo aumento da produtividade, melhoria da qualidade da fibra, redução dos custos de produção e a diminuição dos impactos ambientais. O uso excessivo de fertilizantes e de agroquímicos para o controle de pragas, doenças, nematoides e ervas daninhas representa mais de 65% do custo de produção. Características especiais como a cor e a qualidade da fibra do algodoeiro também são atributos que devem ser incrementados como forma de obter produtos diferenciados, com maior valor agregado. Para superar esses desafios, o projeto de pré-melhoramento tem como objetivo principal explorar, gerar e disponibilizar novos genótipos, visando avanços genéticos no melhoramento do algodoeiro, por meio do desenvolvimento de plantas transgênicas resistentes ao bicudo e a lepidópteros do algodoeiro; obtenção de marcadores moleculares e introgressão de novos genes de resistência ao nematoide-das-galhas em linhagens-elite de algodoeiro; identificação de novas fontes para alta qualidade e novas cores de fibra; tolerância a estresses abióticos (hídrico, salino e nutricional); precocidade; resistência à mancha alvo; e tolerância a herbicidas.