Com os avanços nas técnicas de sequenciamento em larga escala #26;high-throughput sequencing#26;, o número de genomas de fungos completamente sequenciados está aumentando rapidamente. Esta realidade cria uma demanda crescente por ferramentas e metodologias para o estudo da patogenicidade (capacidade de um agente em causar doença) em escala genômica, oferecendo uma oportunidade sem precedentes para análise da estrutura genômica, bem como dos possíveis atributos que conferem a virulência ou patogênese. Neste contexto, estudo de genômica funcional em patógenos de importância agrícola para a região amazônica como Fusarium oxysporum f. sp cubense (fungo causador do mal-do-panamá na bananeira) e Fusarium decemcellulare (fungo causador do superbrotamento no guaranazeiro) serão realizados visando identificar genes relacionados à interação planta/patógeno. E a identificação de quais genes são importantes para causar a doença é fundamental na busca de formas de controle que vão desde o melhoramento clássico ao desenvolvimento de inibidores para as proteínas codificadas por genes responsáveis pela patogenicidade, ou até mesmo o uso de métodos como o silenciamento, que tem se mostrado factível e aplicável ao controle de fitopatógenos. Recentes estudos têm demonstrado que é possível realizar silenciamento transespecífico no processo de interação patógeno/hospedeiro e estes resultados abrem um leque de possibilidades no controle de doenças, a partir do conhecimento de quais genes ou rotas metabólicas podem ser atacados com efetiva perda da patogenicidade. Além de auxiliar na elaboração de estratégias futuras de combate aos fungos, os resultados refletirão na redução dos custos de produção com consequentes impactos sociais e econômicos.