Dentre as espécies que compõem a Amazônia, fungos e bactérias desempenham um papel vital na reciclagem de nutrientes e manutenção da floresta. As pesquisas e investimentos para o estudo sobre as espécies que compõem a diversidade amazônica de plantas e animais ainda são incipientes frente ao tamanho e complexidade da região. Este problema é mais grave quando nos referimos a microbiota, visto que estes são milhões de vezes mais abundantes e pouco explorados. As análises iniciais com microrganismos cultiváveis isolados de sedimentos de rios e lagos, tem permitido a identificação de dezenas de novas espécies de bactérias e fungos com potencial confirmado para o controle fitopatógenos de importância agrícola, patógenos humanos e de outros animais, além da produção de uma variada gama de enzimas de aplicação industrial, o que mostra o quanto a biodiversidade microbiana presente nos rios amazônicos pode ser útil para a bioeconomia. Nesse contexto, este projeto visa descrever e analisar a composição da microbiota amazônica em Unidades de Conservação (UCs) por meio de análises de metataxonomia, bem como realizar mineração metagenômica buscando genes de interesse biotecnológicos. Dessa forma, contribui também para o desenvolvimento da bioeconomia por meio de soluções tecnológicas inovadoras e ecologicamente sustentáveis.