A região Norte possui o maior rebanho de búfalos do Brasil, com cerca da metade do rebanho brasileiro, seguida das regiões Sul, Sudeste, Nordeste e Centro-Oeste. Para todo este segmento de mercado, o projeto "Análises genéticas aplicadas à seleção de búfalos para carne e leite de qualidade", de âmbito nacional, visa disponibilizar o que ainda é incipiente na bubalinocultura nacional: animais identificados como geneticamente superiores, com base na avaliação genética e testes de progênie apoiados pela genética molecular. Uma nova metodologia a ser adotada nesse projeto com os rebanhos da Embrapa e de instituições parceiras prevê, por meio de chips associados à genética molecular, um amplo estudo capaz de analisar milhares de marcadores relacionados à produção. Isso permitirá que os criadores de búfalos saibam o que os animais têm de melhor em termos de probabilidade produtiva. Sob a coordenação da Embrapa Amazônia Oriental, o projeto é executado desde 2009 em rede nacional com outras Unidades da Embrapa, associações de criadores e instituições brasileiras que têm tradição na pesquisa com búfalos para produção de leite ou corte. Entre estas, a Embrapa Rondônia, Embrapa Clima Temperado (Pelotas/RS), Universidade Federal do Recôncavo da Bahia, Universidade Federal do Pampa (RS) e Universidade Estadual Paulista – Unesp de Jaboticabal e de Botucatu.