A Embrapa Florestas desenvolve suas atividades em todo território nacional, mas sua localização, no estado no Paraná, vem facilitando muitas ações de pesquisa no Bioma Mata Atlântica, especialmente com a Floresta Ombrófila Mista (FOM), também conhecida como "Floresta com Araucárias".

Dados publicados em 2001, pelo Projeto de Conservação e de Utilização Sustentável da Diversidade Biológica Brasileira, do Ministério do Meio Ambiente/PROBIO, apontaram a existência de apenas 0,8% de Florestas com Araucárias em estádio avançado de regeneração, ou seja, que guardam condições e características originais. A conversão das florestas para uso com agropecuária e a exploração de madeira, principalmente de araucária (Araucaria angustifolia), levaram a este nível de degradação.

Infelizmente, a araucária, com toda sua importância ambiental, cultural e econômica, é uma espécie ameaçada. Ela consta na Lista Nacional Oficial de Espécies da Flora Ameaçadas de Extinção, conforme Portaria MMA nº 243, de 17 de Dezembro de 2014, junto com outras espécies importantes que ocorrem na FOM, como a imbuia (Ocotea porosa) e a canela-sassafrás (Ocotea odorifera).

Em relação à fauna, a destruição do habitat natural e a dependência pelo pinhão fizeram com que muitas espécies de aves e animais se tornassem igualmente ameaçadas, conforme a Lista da Fauna Ameaçada de Extinção no estado do Paraná (Decreto Estadual nº 3148, de 15 de junho de 2004) e na Atualização da lista de Mamíferos Ameaçados de Extinção no estado do Paraná (Decreto Estadual nº 7264, de 1º. de junho de 2010).

Hoje, a FOM se encontra protegida pela Lei nº 11.428, de 22 de dezembro de 2006, que dispõe sobre a utilização e proteção da vegetação nativa do Bioma Mata Atlântica. A araucária tem a proteção da Resolução do CONAMA nº 278, de 24 de maio de 2001, que restringe o corte ou a exploração de espécies da flora ameaçadas de extinção da FOM.

Da araucária muito se perdeu, principalmente pela drástica redução da área de cobertura da espécie e pela erosão genética. Árvores com genes responsáveis por características especiais, como produção superior de pinhões e de madeira, muito provavelmente foram cortadas. Assim, a conservação das áreas remanescentes e a implantação e renovação contínua de bancos ativos de germoplasma (in-situ e ex-situ) são fundamentais para a conservação da variabilidade genética ainda existente. Trata-se de germoplasma precioso que deve ser cuidado como um patrimônio e não pode sofrer novas perdas.

A pesquisa científica busca gerar tecnologias para a gestão integrada da Floresta com Araucárias. Esta gestão tem como foco principal a restauração de remanescentes antropizados. É comum, nestes remanescentes, a ocupação massiva de espécies competidoras agressivas, tais como a taquara e outras gramíneas, que impedem ou dificultam a regeneração natural da araucária e outras espécies arbóreas. Isto requer práticas de silvicultura e manejo que envolvam o controle da competição e enriquecimento com plantio e condução de espécies desejadas. Tais estratégias de conservação podem ser reforçadas pela elaboração e aplicação de políticas públicas que remunerem o produtor que preserva áreas de FOM ou incentivem o plantio de espécies que favoreçam a recuperação de áreas de FOM.

A Embrapa possui diferentes estratégias na pesquisa científica relacionada à Floresta com Araucária. São desenvolvidos projetos que tratam de temas como melhoramento genético, manejo florestal, genética de populações, biologia reprodutiva, clonagem, criopreservação e formação de bancos de germoplasma, buscando-se o uso sustentável do pinhão e outros produtos não madeiráveis, até o incentivo a empresas para pagamento a produtores rurais por serviços ambientais envolvendo a espécie araucária. Em um dos projetos, denominado "Uso e conservação da araucária na agricultura familiar", o produtor auxilia na identificação de árvores matrizes com diferentes características, tais como a produção precoce e tardia de pinhão, árvores com crescimento superior, entre outras, as quais são destinadas a um programa de melhoramento genético, visando obtenção de araucárias que propiciem plantações com maior retorno econômico pela produção de pinhões e madeira. Em outro foco de atuação, são testados modelos de integração da araucária aos sistemas tradicionais de produção dos agricultores familiares, seja por meio de plantios puros ou sistemas agroflorestais, tendo na araucária uma fonte de diversificação da renda nas propriedades. A produção precoce de pinhões por meio de enxertia é outra pesquisa que vem apresentando resultados promissores.

Propor modelos de gestão para a FOM representa um desafio para a ciência. Os múltiplos ecossistemas envolvidos são frágeis. Inúmeros fatores e variáveis têm que ser considerados no planejamento de operações e faltam parâmetros técnicos adequadamente validados. A Embrapa busca alternativas para que o produtor rural, obtendo renda e valorizando a floresta, se torne um grande aliado para a conservação das espécies ameaçadas. O estímulo à pesquisa, à difusão de tecnologias de manejo sustentável da vegetação e à formação de uma consciência pública sobre a necessidade de recuperação e manutenção dos ecossistemas – respeitando-se a legislação vigente – são elementos norteadores das atividades da Embrapa no que diz respeito à Floresta com Araucária.