O guaranazeiro ( Paullinia cupana) é uma espécie amazônica de elevado valor industrial devido ao conteúdo de cafeína em suas sementes. A exploração da variabilidade genética de espécies nativas requer o prévio conhecimento sobre a abundância e distribuição de alelos na população de plantas in situ ou ex situ, pois o germoplasma constitui a base genética para o desenvolvimento de cultivares com características comerciais. Adicionalmente, no histórico de domesticação e origem geográfica não há registros de populações naturais de guaranazeiro, o que exige maior empenho da pesquisa para manter a variabilidade genética da espécie cultivada para as gerações atuais e futuras. A Embrapa Amazônia Ocidental tem concentrado esforços para a conservação clonal da variabilidade genética do guaranazeiro, visando suprir a necessidade de conhecimentos básicos e, ao mesmo tempo, encontrar solução dos principais problemas da cultura; especialmente a baixa produtividade dos plantios e incidência da doença antracnose. A presente proposta visou desenvolver e utilizar marcadores moleculares que possibilitem a análise da diversidade e determinação de clones de guaranazeiro com características de interesse agronômico, auxiliando dessa forma no estudo da estrutura genética do germoplasma de P. cupana. Os resultados da pesquisa vão ser utilizados na identificação de grupos divergentes, com impactos significativos nas estratégias de gestão do recurso genético e na seleção de genótipos para geração de híbridos interclonais superiores de guaranazeiro.