O pescado é um alimento de alto valor proteico e está presente na maioria das regiões do Brasil, porém é pouco consumido por grande parte da população brasileira. Por ser um produto muito perecível, há uma tendência à comercialização desse alimento na forma processada. Paralelamente, há um crescente aumento do consumo de carne de pescado no Estado do Rio de Janeiro, o que leva a um aumento da elaboração de produtos agroindustriais alternativos, com destaque para a carne mecanicamente separada (CMS), subproduto gerado após a filetagem do pescado. O aproveitamento dessa carne na forma de croquetes congelados com posterior tratamento térmico (fritura) é uma alternativa simples e saborosa. Entretanto, durante a conservação desses produtos pode ocorrer à atuação de algumas enzimas que fragmentam as proteínas em moléculas menores (peptídeos) que não são detectadas pelas técnicas de laboratório usuais. Portanto, para esta avaliação da integridade proteica dos croquetes foi implantada uma técnica eletroforética que permite a identificação de peptídeo de baixa massa molecular, até 1kDa. A ausência de peptídeos de baixa massa molecular nos croquetes conservados e fritos permite que se conclua que não houve hidrólise em nenhum dos dois processos, tanto durante congelamento como durante fritura. Portanto, a qualidade proteica de croquetes elaborados com CMS de tilápia foi atestada tanto do ponto de vista molecular, como físico-químico, sensorial e microbiológico. Espera-se que a tecnologia gerada para o desenvolvimento destes coprodutos seja implantada pelo setor agroindustrial de pequeno porte.