Pretende-se com este projeto componente a caracterização da microbiota de diversos ambientes associados a animais de produção visando melhorias significativas em aspectos de produção, sanidade animal e saúde humana, bem como a prospecção de genes com potencial aplicação biotecnológica. O século passado testemunhou progresso considerável na produtividade e eficiência da indústria agropecuária com amplas aplicações da genética quantitativa e de populações no melhoramento animal focando em características de interesse econômico. O advento da biologia molecular abriu portas para o entendimento da variabilidade genética e seus efeitos fenotípicos, muitas vezes difíceis de serem mensurados. Entretanto, todo o progresso alcançado até o presente também gerou efeitos colaterais negativos: problemas como queda no bem-estar e espectativa de vida dos animais em ambientes de produção, queda da eficiência reprodutiva, aumento de impactos ambientais, resíduos, maior suscetibilidade a estresses, doenças metabólicas, doenças infecciosas e aumento na frequência de epidemias de zoonoses variadas tornaram-se preocupantes para a sociedade. Frente a este panorama, temos o aparecimento de uma demanda pública global para que estes problemas sejam abordados e solucionados no futuro relativamente próximo. As possíveis aplicações derivadas de análises metagenômicas são amplas e permeiam todos os aspectos dos sistemas de produção, desde potenciais melhorias na sanidade e produtividade animal até a degradação de resíduos, detecção e monitoramento de patógenos para seres humanos e genes com aplicações biotecnológicas como a produção de biocombustíveis.