Aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões usando os descritores estruturais de proteínas da base de dados do software Sting
Aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões usando os descritores estruturais de proteínas da base de dados do software Sting
Foto: Furukawa, Neide Makiko
As enzimas têm sua função determinada essencialmente por alguns resíduos específicos, denominados de resíduos catalíticos. A maioria dos métodos para a predição dos resíduos catalíticos de enzimas utiliza ao menos um critério de conservação da sequência primária. Considerando que a função é decorrente da estrutura, este projeto almeja identificar dentre os descritores estruturais disponíveis na base de dados do sofware Sting aqueles de maior relevância para discriminar os resíduos catalíticos. Assim, o projeto vai propor um novo método classificador para enzimas usando estes descritores como dados de entrada. Entre os resultados esperados estão: novos métodos para a seleção dos descritores estruturais mais importantes para o reconhecimento dos resíduos catalíticos; determinação de assinaturas de descritores específicas para grupos de enzimas, constituídas por consultas formadas pelos delimitadores inferior e superior de intervalos de valores para cada descritor selecionado; criação de "tabela periódica" das assinaturas por famílias e subfamílias proteicas; análise estatística multivariada de dados da base de dados Sting com intuito de validar o método e identificar os resíduos catalíticos das novas proteínas.
Ecossistema: Amazônico, Äreas Costeiras, Campinaranas, Extremo Sul, Floresta Atlântica, Florestas Semideciduais e Estacionais, Meio Norte, Pantanal, Região Caatinga e Florestas deciduais, Região dos Cerrados, Região dos Pinheirais, Transição Ecológica
Situação: concluído Data de Início: Sun Aug 01 00:00:00 GMT-03:00 2010 Data de Finalização: Thu Jul 31 00:00:00 GMT-03:00 2014
Unidade Lider: Embrapa Agricultura Digital
Líder de projeto: Goran Nesic
Contato: goran.neshich@embrapa.br
Palavras-chave: STING, enzimas, famílias e subfamílias protéicas, biologia computacional, bioinformatica