O isolamento e seleção de microrganismos isolados de diversos nichos ecológicos como plantas (endofíticos e patógenos), animais (simbiontes), rios (água e sedimentos) e solo da Amazônia, foi realizado, nos últimos anos, pelo grupo de pesquisa da Embrapa Amazônia Ocidental em parceria com pesquisadores nacionais e internacionais.

Este projeto une o isolamento e identificação de produtos naturais com uma abordagem em mineração gênica para vias do metabolismo secundário com base em genomas completos, identificação e caracterização de genes e vias metabólicas com potencial para a produção de compostos de interesse biotecnológico. Teve ainda a finalidade de atender as demandas de bioinsumos para as áreas agrícola (prospecção e aplicação de moléculas antimicrobianas frente a patógenos de interesse), farmacêutica (prospecção direcionada de novos antibióticos com diferentes modos de ação) e cosmética (prospecção de ectoína derivadas) por meio do sequenciamento de genoma completo de pelo menos 100 microrganismos e mineração genômica, visando uma prospecção direcionada e desenvolvimento de produtos e processos que auxiliem o desenvolvimento científico, econômico, social e ambiental no Estado do Amazonas.