Identificação e Redução de Duplicações no Banco Ativo de Germoplasma de Arroz da Embrapa

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A presença de acessos duplicados em coleções de germoplasma causa desperdício de recursos na sua conservação e, principalmente, dificulta o uso desse material em pesquisas e melhoramento genético. Este projeto tem como objetivo analisar a coleção de recursos genéticos do Banco Ativo de Germoplasma de Arroz da Embrapa para identificar acessos duplicados e propor uma estratégia para mitigar o problema. Essa estratégia será formalizada em um Plano de Redução de Redundância (PRR). Com a implementação do PRR, espera-se aumentar a eficiência na conservação do germoplasma, reduzir custos e facilitar o uso da diversidade genética armazenada.A duplicação de acessos em coleções de germoplasma é comum, especialmente devido à colaboração entre instituições de diferentes países, que frequentemente trocam acessos com informações limitadas. Nessa troca, é comum que um banco de germoplasma acabe tendo duas ou mais cópias do mesmo acesso original.São considerados duplicados os acessos que possuem identidade dos marcadores moleculares genotipados igual ou superior a 99%. Quando a identidade é entre 97% e 99%, os acessos podem ser considerados quase-isogênicos e mantidos como um grupo de acessos similares para fins de uso. No entanto, a identificação de acessos duplicados, mesmo com o uso de marcadores moleculares, deve considerar outras fontes de informação, já que os acessos de germoplasma podem conter variação interna, o que torna o julgamento de identidade mais complexo. Em alguns casos, a observação fenotípica dos acessos potencialmente redundantes pode ser necessária.É importante destacar que a manutenção de réplicas de acessos em diferentes coleções, como forma de backup de segurança, é uma prática saudável e não deve ser confundida com o problema abordado por este projeto. O foco aqui é a existência de acessos idênticos mantidos como se fossem distintos na mesma coleção, o que aumenta o custo de conservação sem benefícios significativos em termos de segurança ou diversidade genética.A primeira etapa do projeto será identificar acessos potencialmente idênticos por meio da análise dos dados disponíveis, como nome e instituição de origem. Variedades tradicionais, provenientes de coleta, não serão incluídas neste estudo, pois a sinonímia é comum entre elas e não indica identidade genética. O foco será principalmente em acessos originados de programas de melhoramento, recebidos de outras instituições no Brasil ou no exterior. Fontes de informação externa, como bases de dados internacionais, também serão pesquisadas para identificar acessos suspeitos de duplicação.Os acessos potencialmente redundantes serão germinados, e o tecido foliar de seis plantas será coletado para análise de marcadores moleculares distribuídos por todos os cromossomos. A análise molecular será realizada por um prestador de serviço qualificado, utilizando conjuntos de SNPs amplamente validados. Os dados de marcadores permitirão estimar os coeficientes de similaridade entre pares de acessos. A probabilidade de redundância será calculada com base na identidade dos marcadores e na taxa de erro da plataforma de genotipagem utilizada. Probabilidades iguais ou superiores a 0,99 serão consideradas como indicativas de redundância entre acessos, enquanto probabilidades entre 0,95 e 0,99 indicarão alta similaridade.Com base nessas probabilidades, será elaborado o Plano de Redução de Redundância (PRR) para o Banco Ativo de Germoplasma de Arroz da Embrapa. O PRR será submetido à Coordenação Técnica do Sistema de Curadorias de Germoplasma da Embrapa para discussão corporativa e possível replicação em outras coleções.

Situação: concluído Data de Início: Sun Jan 01 00:00:00 GMT-03:00 2023 Data de Finalização: Tue Apr 30 00:00:00 GMT-03:00 2024

Unidade Lider: Embrapa Arroz e Feijão

Líder de projeto: Flavio Breseghello

Contato: flavio.breseghello@embrapa.br