A ovinocultura está em expansão nas áreas de pecuária da região do Pantanal. A espécie quase sempre é introduzida em pastagens naturais onde há a criação de Bovinos, porém apresenta baixa eficiência com uma taxa de mortalidade pré-desmama elevada (15%). Os Ovinos Pantaneiros são animais adaptados a região e a ciência cabe gerenciar com perspectivas de produção e conservação. Em ambas, o conhecimento do genoma é fundamental para a identificação de loci ou de grupos haplótipos adaptáveis às condições ambientais, pois tanto o homem como o ambiente interferem muito na variação fenotípica e genética, principalmente sob condições adversas de temperatura e nutrição, comuns nos biomas restritivos, onde genes específicos podem estar sob ação de seleção natural, detectáveis por metodologias disponíveis atualmente. A esse respeito, o desenvolvimento de métodos e tecnologias de sequenciamento de genomas completos (GWAS), a partir de genotipagem com uso de painéis de polimorfismo de nucleotídeo único (SNP), facilitou o rastreamento da variabilidade genética das espécies, bem como a identificação de assinaturas adaptativas no genoma, além da detecção de associações entre regiões genômicas e características de interesse, capaz de proporcionar melhor entendimento sobre a história evolutiva dos caprinos, ilustrar as relações genéticas dentro e entre populações e servirem de parâmetro para implementação de seleção genômica . Por meio da análise de genotipagem 50K SNP exploramos as evidências que a seleção natural é predominante sobre a deriva genética em determinadas regiões do genoma da ovino pantaneiro. Assim, o estudo de associação genômica ampla (GWAS, Genome Wide Association Study) torna-se uma ferramenta, permitindo entender com maior precisão a forma como o ambiente originou a variação genética adaptativa, úteis na conservação e produção animal.