As pesquisas direcionadas para tornar as espécies frutíferas amazônicas sustentáveis e competitivas são estratégicas para identificação e seleção de genótipos com características superiores. Os avanços na área molecular têm permitido a inclusão dos resultados sobre a diversidade genética das espécies nas atividades do melhoramento, o que possibilita a ordenação de estratégias para a melhor utilização da base genética da espécie. A proposta reuniu ações de pesquisa visando promover o acesso da diversidade interclonal estimada por marcadores SSR e a introdução da técnica de propagação in vitro no programa de melhoramento de cupuaçuzeiro. As informações obtidas auxiliaram no direcionamento da base genética durante o melhoramento, bem como na complementação da identificação geográfica e morfo-agronômica dos clones selecionados. As atividades deste projeto permitiram avanços nos conhecimentos científicos associados aos processos de seleção, avaliação da doença vassoura-de-bruxa e propagação clonal do cupuaçuzeiro.