Author(s): SHIRAKAWA, K. T.; CHIARI, L.; PEREIRA, R. M.

Summary: O capim-braquiária é muito utilizado no Brasil, principalmente no cerrado, como forrageira devido a sua alta adaptabilidade a variados solos, como solos ácidos ou pobres em nutrientes; e apresenta alta cobertura e produção de biomassa. Os peptídeos antimicrobianos são moléculas proteicas pequenas produzidas por todos os seres vivos como parte do sistema imune inato para combater infecções e patógenos. Peptídeos antimicrobianos vegetais possuem um amplo espectro de atividades antimicrobianas contra fitopatógenos e a grande maioria deles é ativa contra fungos, enquanto alguns são inibidores de bactérias e insetos herbívoros. Deste modo, o objetivo deste trabalho foi verificar e identificar a presença de peptídeos antimicrobianos da família das defensinas em U. decumbens por meio da comparação entre as sequências do transcriptoma da planta contra as sequências de aminoácidos de peptídeos antimicrobianos. O transcriptoma da planta foi fornecido pela EMBRAPA Gado de Corte (Campo Grande, MS), obtido pela extração de RNA de plantas expostas a condições de estresse (com alumínio) e sem estresse (sem alumínio). As sequências dos peptídeos antimicrobianos foram baixadas do banco de dados online CAMP e foram formatadas em FASTA em um banco local no computador da FCBA, UFGD. Foi utilizado o blast local para fazer o alinhamento entre os 164.920 transcritos únicos da U. decumbens e as 5.906 sequências de peptídeos antimicrobianos. Deste alinhamento obteve-se 3.161 similaridades com 251 peptídeos diferentes. Para a análise dos resultados utilizou-se o MySQL, separando-os em famílias de acordo com a classificação do banco de dados CAMP e selecionando um grupo amostral para a construção das árvores filogenéticas. A partir desta análise, obteve-se 261 similaridades com 52 peptídeos diferentes dentro da família das defensinas. A maioria dos peptídeos antimicrobianos identificados possui atividade antifúngica ou antimicrobiana, e são de origem vegetal o que condiz com os transcritos da gramínea.

Publication year: 2014

Types of publication: Paper in annals and proceedings

Unit: Embrapa Beef Cattle

Keywords: AMPs, Gramínea, Transcriptoma