Author(s): VIEIRA, F. D.; MOURA, D. G. de; SILVA, D. F.; HIGA, R. H.; ZERLOTINI NETO, A.

Summary: Nos últimos anos, o uso de genotipagem em grande escala de dezenas ou centenas de milhares de polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) para estimar o perfil genômico de animais permitiu o desenvolvimento de estudos de associação genótipo-fenótipo em escala genômica (GWAS) e a introdução da tecnologia de seleção genômica em programas de melhoramento genético. No entanto, esta situação implica na necessidade de armazenamento de grande volume de dados de genotipagem, fenotipagem e pedigree de um elevado número de animais. Para integrar esse volume de dados distintos, é primordial utilizar uma estrutura de armazenamento robusta, como um SGBD. Assim, uma questão importante a considerar é o equilíbrio entre normalização e desempenho durante o estágio de modelagem de banco de dados, pois isso terá um impacto direto na usabilidade e na experiência do usuário. Buscando resolver esse problema de armazenamento eficiente e consultas rápidas num grande volume de dados, este trabalho apresenta o sistema BDGF (Banco de Dados de Genótipos e Fenótipos). Seu modelo de dados permite a implementação do tipo JSON em campos de tabelas relacionadas a fenótipos e do tipo texto em campos da tabela genótipos. BDGF foi projetado para dar suporte a projetos de criação de animais da Embrapa, mas pode ser facilmente ajustado para armazenar dados de diversas fontes, tais como dados de plantas. Além disso, o sistema implementa políticas de acesso e segurança para fenótipos, genótipos e pedigree dos animais.

Publication year: 2017

Types of publication: Paper in annals and proceedings

Unit: Embrapa Digital Agriculture

Keywords: Banco de Dados de Genótipos e Fenótipos, Databases, Genotype, JSON, JavaScript Object Notation, Phenotype, Polimorfismo de nucleotídeo único, PostgreSQL, Single nucleotide polymorphism, Sistema Gerenciador de Banco de Dados, Tecnologias Java EE