A gene-transcription factor network associated with residual feed intake based on SNVs/InDels identified in Gir, Girolando and Holstein cattle breeds.

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Autoria: VERARDO, L. L.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; ZERLOTINI NETO, A.; CHUD, T. C. S.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B.

Resumo: The aim of this study was to analyze whole-genome re-sequencing data focusing on SNVs and InDels identified in Gir, Girolando and Holstein cattle breeds related to RFI. Thus, genes showing SNVs/InDels in TF binding sites (5' UTR variants) were used to search for TF related to feed intake and to generate a gene-TF network for RFI across two purebred and one admixed dairy cattle breeds. Moreover, we were able to perform a comparative analysis accessing similarities and dissimilarities at the genomic level across these breeds.

Ano de publicação: 2018

Tipo de publicação: Artigo em anais e proceedings

Unidade: Embrapa Agricultura Digital

Palavras-chave: Bos Indicus, Cattle breeds, Gado de Corte, Genetic, Insertions/deletions (InDels), Residual, Sequência de dados, Single Nucleotide Variations (SNVs), Variação Genética, Whole-genome, Whole-genome re-sequencing data

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