Author(s): OLIVEIRA, J. C. de; SILVA, A. L. D. da; SILVA, C. C. da; SOUZA, A. P. de; FORMIGHIERI, E. F.; CAMPOS, T. de

Summary: O uso do amendoim forrageiro (Arachis pintoi) em pastagens consorciadas com gramíneas tem importância econômica e ambiental. Avanços no programa de melhoramento da espécie podem ser obtidos com a ampla informação gerada pelo sequenciamento de segunda geração. A tecnologia de RNA-Seq permite obter extensa cobertura dos genes existentes no genoma com custo consideravelmente baixo. Os dados gerados possibilitam identificar novos marcadores, validar genes e rotas metabólicas. Atualmente existem poucos microssatélites disponíveis para o amendoim forrageiro. Assim, o objetivo deste trabalho foi desenvolver novos marcadores microssatélites a partir de bibliotecas de RNA-Seq de amendoim forrageiro. O RNA de duas cultivares (Belomonte e Amarillo MG-100) foi extraído e utilizado para montagem das bibliotecas, as quais foram sequenciadas e tiveram seu genoma funcional montado com o software Trinity® e metodologia de novo. Um total de 336 milhões de reads foi obtido, dos quais 84.229 foram utilizados na identificação de microssatélites. Dos 4.461 marcadores encontrados, 186 foram selecionados para validação e 80 (43%) apresentaram perfil ideal de amplificação. Desses 80, 29 foram genotipados e apresentaram-se polimórficos. Foi possível acessar a diversidade genética em 20 genótipos. Esses dados indicam a informatividade dos novos marcadores, os quais poderão contribuir para acelerar o melhoramento do amendoim forrageiro.

Publication year: 2020

Types of publication: Paper in annals and proceedings

Unit: Embrapa Acre

Keywords: Acre, Amarillo MG-100, Amazonia Occidental, Amazônia Ocidental, Amendoim forrageiro, Análisis de secuencia, Arachis pintoi, Banco de Germoplasma, Belomonte, Cacahuetes forrajeros, Cultivo mixto, Embrapa Acre, Forage grasses, Forage legumes, Forage peanut, Genoma funcional, Germplasm conservation, Gramínea Forrageira, Leguminosa Forrageira, Leguminosas forrajeras, Marcador Genético, Microsatellite repeats, Mixed cropping, Pastagem Consorciada, Pastos forrajeros, RNA sequencing, RNA-Seq, Repeticiones de microsatélite, Rio Branco (AC), Sequence analysis, Western Amazon