Identificação de microssatélites e síntese de primes para erva-mate a partir de programas de bioinformática.

Informe múltiplos e-mails separados por vírgula.

imagem

Autoria: LÜHRS, L.; SOUSA, V. A. de; ROSSINI, B. C.; KESTRING, D. R.; AGUIAR, A. V. de

Resumo: A erva-mate (Ilex paraguariensis S. T. Hill) gera o produto florestal não madeireiro mais importante do agronegócio da região Sul do Brasil. A demanda internacional pela erva-mate vem aumentando, favorecendo o desenvolvimento da sua produção e competitividade. A caracterização genética é indispensável para o estabelecimento de estratégias de conservação e melhoramento genéticos para essa espécie. Atualmente, diferentes ferramentas genômicas estão disponíveis para desenvolvimento de marcadores moleculares, sendo os microssatélites, ou SSRs (sequências simples repetidas) uma das mais utilizadas no estudo genético de populações. Assim, o objetivo desde trabalho foi identificar e desenvolver microssatélites para erva-mate. O DNA de um indivíduo foi utilizado para realizar, a partir da plataforma Illumina-Miseq, um total de 12.933.970 leituras. Para a sua identificação, foram utilizados diferentes programas: PERF, SSR_pipeline e Primer3Plus. Com o auxílio do PERF, foram analisadas as sequências (em arquivo fasta), totalizando 17.715 ocorrências repetidas para variados números de motifs repetidos. O SSR_pipeline utilizou outros arquivos de entrada (fastq) com 12.933.970 leituras e identificou inúmeros SSRs. Assim, associando os resultados dos dois programas, pares de primers flanqueando os microssatélites foram desenhados no Primer3Plus para 18 marcadores. Alguns parâmetros especificados foram: tamanhos, temperaturas e porcentagem de GC (mínimos, ideais e máximos). Seis potenciais marcadores identificados serão validados para a confecção dos iniciadores para esta espécie. Essa ferramenta deverá ser aplicada para análises genéticas diversas, na caracterização genética de populações naturais e sintéticas e em bancos de germoplasma. Novos recursos de bioinformática poderão ser explorados para essa mesma finalidade.

Ano de publicação: 2021

Tipo de publicação: Resumo em anais e proceedings

Unidade: Embrapa Florestas

Palavras-chave: Banco de Germoplasma, Erva-mate, Ilex Paraguariensis

Mais Informações Baixar publicação (PDF)

Observações

1 - Por padrão são exibidas publicações dos últimos 20 anos. Para encontrar publicações mais antigas, configure o filtro ano de publicação, colocando o ano a partir do qual você deseja encontrar publicações. O filtro está na coluna da esquerda na busca acima. 

2 - Para ler algumas publicações da Embrapa (apenas as que estão em formato ePub), é necessário ter, no celular ou computador, um desses softwares gratuitos. Sistemas Android: Google Play Livros; IOS: iBooks; Windows e Linux: software Calibre.

 

Acesse outras publicações

Acesse a Base de Dados da Pesquisa Agropecuária (BDPA) para consultar o acervo completo das bibliotecas da Embrapa.