Author(s): LEONI, G.; BUZANSKAS, M. E.; MARCONDES, C. R.; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P.; BERNARDES, P. A.

Summary: Uma alternativa para reduzir o custo da aplicação da seleção genômica é a realização da imputação dos genótipos. No entanto, para raças em que a população é pequena, há indisponibilidade de grande quantidade de animais genotipados com alta densidade, como observado para raça Canchim. A utilização de raças fundadoras pode colaborar com a imputação, porém algumas vezes resulta em baixa acurácia. Assim, o objetivo deste estudo foi comparar a acurácia de imputação de painéis comerciais com painéis personalizados de baixa densidade imputados para um painel de alta densidade em bovinos da raça Canchim, utilizando população referência formada por animais da raça Nelore. Foram utilizados 400 animais Nelore na população referência e 396 animais Canchim e do grupo genético MA na população de imputação. Os painéis comerciais de baixa densidade considerados continham 20 mil e 50 mil SNPs (polimorfismos de nucleotídeo único) e 3 tipos de personalizações foram aplicadas com o objetivo de obter as mesmas densidades dos painéis comerciais, formando assim 8 diferentes cenários. A acurácia de imputação apresentou valores superiores nos painéis personalizados quando comparados com os comerciais e também, conforme a densidade dos painéis eram maiores, as acurácias tiveram seu valor aumentado. Houve pequena diferença entre a primeira forma de personalizar o painel comparado com a segunda e terceira, indicando que a maneira como o painel é construído interfere nas acurácias de imputação.

Publication year: 2023

Types of publication: Paper in annals and proceedings

Unit: Embrapa Southeastern Livestock

Keywords: Bovino de corte, Gado Canchim, Genômica, Marcadores moleculares