Uma ferramenta WEB para identificação e visualização de sequências repetitivas em lócus gênico de animais e plantas.
Uma ferramenta WEB para identificação e visualização de sequências repetitivas em lócus gênico de animais e plantas.
Autoria: HERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B.
Resumo: Sequências repetitivas (SR) em lócus gênico de animais e plantas podem estar envolvidas em diversos fenômenos biológicos, como interferência por RNAi (Fire et al., 1998) e trans-splicing (Di Segni et al., 2008). A maioria das SR localiza-se em regiões de introns e, usualmente, seus estudos envolvem apenas sequências de mRNA, sendo necessário a estrutura intron-exon dos genes. Desta forma, é preciso realizar um mapeamento dos genes em seu respectivo genoma de referência para identificação de quatro tipos de SR: repetição reversa e complementar, repetição direta e complementar, repetição reversa e repetição direta. Este trabalho apresenta uma ferramenta WEB, chamada RepGraph, a qual integra algoritmos e ferramentas de bioinformática para identificar os pares que formam cada tipo de SR e uma representação gráfica para ilustrar sua relação em dois lócus gênicos.
Ano de publicação: 2009
Tipo de publicação: Resumo em anais e proceedings
Unidade: Embrapa Agricultura Digital
Palavras-chave: Bioinformática, Ferramenta Web, Genômica, RepGraph, Sequências repetitivas em lócus gênico, Web tool
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