Sequenciamento dos transcritos de Piper nigrum L. infectada com Fusarium solani f.sp.piperis utilizando Plataforma de nova geração.
Sequenciamento dos transcritos de Piper nigrum L. infectada com Fusarium solani f.sp.piperis utilizando Plataforma de nova geração.
Author(s): MOREIRA, E. C. O.; GORDO, S. M. da C.; DARNET, S.; RODRIGUES, S. M.; SAMPAIO, I. da C.
Summary: Neste trabalho nós extraímos o RNA total e isolamos o mRNA de raízes de Piper nigrum L. infectada com o fungo Fusarium solani f.sp. piperis na fase mais severa da infecção, para construção de uma biblioteca de fragmentos utilizando o método RNA-Seq. A biblioteca gerada foi sequenciada utilizando a plataforma de nova geração ?SOLiDTM 3 Plus System? (Applied Biosystems, EUA) produzindo 67.452.415 leituras com 50 pb. As leituras obtidas foram pré-processadas com softwares de Bioinformática para obtenção de leituras de alta qualidade. Para avaliar os dados pré-processados estatisticamente, foi utilizado o software FASTQC. Os resultados obtidos foram leituras com alta qualidade que serão usadas no processo de montagem, a fim de obter uma lista de transcritos de Planta expressos em resposta a infecção pelo patógeno.
Publication year: 2012
Types of publication: Paper in annals and proceedings
Unit: Embrapa Eastern Amazon
Observation
Some of Embrapa's publications are published as ePub files. To read them, use or download one of the following free software options to your computer or mobile device. Android: Google Play Books; IOS: iBooks; Windows and Linux: Calibre.
Access other publications
Access the Agricultural Research Database (BDPA) to consult Embrapa's full library collection and records.
Visit Embrapa Bookstore to purchase books and other publications sold by Embrapa.