A qualidade das mudas constitui um dos principais fatores limitantes ao bom desenvolvimento e à produtividade do maracujazeiro. Muitos produtores utilizam mudas produzidas em tubetes ou em saquinhos plásticos com até 50 cm de altura. Isso se deve ao fato de que as mudas pequenas são mais baratas, além de facilitarem a logística de comercialização e transporte até as propriedades. Apesar dessa vantagem, tem-se observado que as mudas pequenas apresentam alto índice de mortalidade no campo em virtude, principalmente, da incidência precoce de pragas e doenças.

O uso da tecnologia de mudas de maracujazeiro tipo 'mudão' (mudas com mais de 90 cm de altura) foi avaliado e tem sido recomendado pela Embrapa Cerrados porque elas apresentam menor taxa de mortalidade no campo; menor tempo de exposição e maior tolerância a pragas e doenças, principalmente na fase mais vulnerável do início do desenvolvimento; maior precocidade e maior produtividade, principalmente em áreas com maior ocorrência de pragas e doenças.

Devido à dificuldade de transporte das mudas maiores, recomenda-se que o produtor tenha um local protegido onde possa tutorar e cultivar as mudas menores até atingirem pelo menos 90 cm de altura. Apesar do maior custo de produção, a utilização de mudas do tipo ‘mudão’ com mais de 120 dias de idade e altura variando de 90 a 180 cm é técnica e economicamente viável.