Tradicionalmente, os modelos de Integração Lavoura-Pecuária iniciam a sequência de rotação pela agricultura, para depois incorporar a pastagem. No Sistema São Mateus, a sequência começa pela pastagem (pasto-soja). Com o início pelo pasto, após a correção química do solo, haverá tempo suficiente para os corretivos reagirem, para o sistema radicular da pastagem construir uma estrutura de solo favorável à manutenção de umidade e o pasto formar palha necessária para o Plantio Direto da soja.

O Sistema São Mateus começou a ser desenvolvido em 2008 e teve sua conclusão em 2016, em uma Unidade de Referência Tecnológica (URT) da Embrapa junto com a Fazenda São Matheus (Selvíria, MS). É uma tecnologia consolidada para as áreas da região do Leste do estado de Mato Grosso do Sul, onde ainda predominam a pecuária e a silvicultura.

A tecnologia, que introduziu o componente soja no sistema, foi aperfeiçoada levando-se em conta não somente os solos arenosos (pobres em nutrientes e com menor capacidade de reter a água da chuva no solo), mas a distribuição irregular das chuvas ao longo do ano na região com veranicos no período chuvoso.