O objetivo da metodologia desenvolvida foi operacionalizar o processo de extração de DNA de espécies nativas do cerrado com importância econômica atual ou potencial. Para tal operacionalização, foi desenvolvido um protocolo único com otimizações relacionadas ao aumento da concentração do CTAB, diminuição da quantidade de tecido foliar e aumento do período de desproteinização visando a extração de DNA de várias espécies: Stylosanthes guyanensis e S. macrocephala (leguminosas forrageiras), Baru, Pequi, Mangaba, Cagaita e Araticum (fruteiras), Macaúba (produção óleo), Faveira e Barbatimão (plantas medicinais). Com base no protocolo desenvolvido tem sido possível a extração de DNA de todas as espécies analisadas com qualidade, estabilidade e quantidade suficiente para análises moleculares. A metodologia desenvolvida permite operacionalizar o processo de extração de DNA, aumentar a qualidade das amostras, diminuir o tempo gasto em cada extração, otimizar o uso de reagentes e equipamentos e melhorar a reproducibilidade das análises moleculares.