O projeto visa desenvolver linhagens e cultivares de algodoeiro transgênicas, de elevada produtividade e qualidade de fibra, resistentes às principais doenças e nematoides, que contribuam para a produção sustentável de algodão no Brasil. O objetivo é conciliar a genética adaptada ao ambiente tropical com a biotecnologia, para o desenvolvimento de cultivares resistentes a lepidópteros (borboletas e mariposas) e tolerantes a herbicidas. A partir de germoplasma desenvolvido pelo programa de melhoramento genético convencional do algodoeiro da Embrapa, por meio de linhagens e cultivares portadoras de resistência às doenças e nematoides e com melhor qualidade de fibra, em fase posterior de introgressão de transgenia para resistência a insetos (lagartas) e tolerância a herbicida, o projeto disponibilizará cultivares e linhagens com a genética e a biotecnologia almejadas pelo setor produtivo nacional.