A área de proteção ambiental (APA) da Bacia do Rio Macacu foi criada com o objetivo de influenciar de maneira positiva na gestão do uso do solo, protegendo os recursos hídricos, por meio da limitação de extração de areia e outras atividades danosas. Entre as unidades de conservação presentes no entorno da APA da Bacia do Rio Macacu estão o Parque Nacional da Serra dos Órgãos, o Parque Estadual Três Picos, a Estação Ecológica do Paraíso, a Área de Proteção Ambiental Federal de Guapimirim e a Área de Proteção Ambiental Federal de Petrópolis.
A maioria dessas unidades de conservação foi criada com o intuito de proteger nascentes e mananciais, além da biodiversidade, a exemplo da APA da Bacia do Rio Macacu, que protege importantes mananciais que abastecem os municípios de Cachoeiras de Macacu, Niterói, São Gonçalo e Itaboraí. Essas unidades consistem em um eixo de fundamental importância para a conservação da biodiversidade e dos recursos hídricos, visto que representam a transição entre as mais importantes áreas de recarga - as montanhas florestadas - e as áreas de baixada, que, por sua vez, apresentam-se sob forte influência da ação humana.
Este projeto foi parte de um esforço integrado com outras instituições para a construção participativa de um plano de manejo para a APA da Bacia do Rio Macacu, a partir de uma estratégia de planejamento regional que compreendeu o mosaico de unidades de conservação existente em seu entorno, além da identificação de possibilidades de conexões pela formação de corredores e do planejamento agroecológico. A intenção foi compatibilizar a conservação da biodiversidade e o uso sustentável dos recursos, respeitando a vocação agropecuária das unidades produtivas existentes na APA.