Esta prática é utilizada para o controle do superbrotamento do guaranazeiro, uma das principais doenças da espécie. A pesquisa recomenda que sejam feitas inspeções fitossanitárias periódicas em intervalos regulares de 30 dias, a partir do mês de fevereiro até o mês de setembro. Durante as inspeções, é necessário fazer a eliminação das partes afetadas, seccionando-se o lançamento, aproximadamente 10 cm abaixo do início do superbrotamento.

A poda fitossanitária deve ser feita quando as partes afetadas pela doença ainda estiverem verdes, de forma a prevenir maiores danos ao guaranazeiro. Quando a doença incidir nas inflorescências, recomenda-se eliminar todo o lançamento portador, seccionando-se 10 cm abaixo da última inflorescência que apresentar superbrotamento. Recomenda-se também que as partes cortadas da planta devem ser retiradas da área de cultivo.