Um software para extração de ESTs, CONTIGS e SINGLETS do CAFEST.
Um software para extração de ESTs, CONTIGS e SINGLETS do CAFEST.
Author(s): GUERRA, R. L.; ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; GOULART, C. de C.
Summary: Uma das dificuldades encontrada atualmente para os usuários da base de dados do Projeto Brasileiro do Genoma Café (CafEST) é a dificuldade em extrair manualmente todas as sequências armazenadas em seus projetos, no sistema Gene Projects. A partir dessa necessidade, foi desenvolvido um software para fazer a automatização do processo. Desta forma, o usuário do CafEST passa a dispor da comodidade de apenas informar ao programa quais projetos ele deseja que tenham as ESTs, contigs ou singlets extraídos. O programa consiste em dois scripts, um para fazer a extração das ESTs e outro para fazer a extração dos contigs e dos singlets. Os dois scripts retiram do CafEST apenas as ESTs, os contigs e singlets e salvam cada um desses em um arquivo do tipo FASTA. Isto facilita o uso dos mesmos em outras bases de dados e/ou ferramentas de bioinformática
Publication year: 2011
Types of publication: Paper in annals and proceedings
Unit: Embrapa Coffee
Keywords: ESTs, Genoma café, Programação Script
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