O software Selegen foi desenvolvido para subsidiar o melhoramento genético de espécies florestais; entretanto, pode ser utilizado para outras espécies vegetais perenes ou semi-perenes e animais, em que a seleção de indivíduos prevalece sobre a seleção de grupos de indivíduos. O programa é fundamentado em algoritmos que maximizam a eficiência do processo seletivo, mediante a comparação de vários métodos de seleção, com vistas a diferentes situações experimentais.

O software conduz à maximização da eficiência dos programas de melhoramento genético de várias categorias de plantas:
- espécies florestais (como o eucalipto, o pínus, a acácia-negra, a seringueira, a leucena, a grevílea, a teca, o mogno);
- espécies produtoras de alimentos estimulantes contendo os alcaloides cafeína e teobromina (café, cacau, erva-mate, guaraná, chá-da-índia);
- palmáceas, produtoras de palmitos, óleos de frutos comestíveis (como o dendê, o coco, a pupunha, o açaí, a juçara, a palmeira-real, a tamareira);
- fruteiras (acerola, caju, cupuaçu, maçã, graviola, pinha);
- fruteiras forrageiras (como o capim elefante, a braquiária, o panicum, o estilosantes, a alfafa);
- espécies energéticas (como a cana-de-açúcar, a mandioca);
- espécies hortícolas ou olerícolas (como a batata, o morango);
- espécies anuais (produtoras de grãos, como cereais e outras).