Inaugurada em 10 de julho de 1976, a Embrapa surgiu no Acre como Unidade de Execução de Pesquisa de Âmbito Estadual de Rio Branco – Uepae de Rio Branco. No seu primeiro Plano Diretor, elaborado em 1993, a então Embrapa Acre estabelecia como objetivo gerar, adaptar e transferir tecnologias e conhecimentos técnico-científicos, para uso e desenvolvimento sustentado dos ecossistemas e do complexo agroindustrial para benefício do estado.

Localizada em Rio Branco, capital do estado, a Embrapa Acre possui um campo experimental com área total de 1,2 mil hectares, onde há parcelas experimentais com diferentes culturas e uma área de floresta primária de 920 hectares para estudos de manejo de recursos madeireiros e não madeireiros. 

Em Cruzeiro do Sul, no extremo oeste do estado, a Unidade desenvolve pesquisas e realiza ações de transferência de tecnologias por meio de um escritório, localizado no centro da cidade, e parcerias com produtores da região para o desenvolvimento de pesquisas de campo.

As tecnologias, produtos e serviços também são desenvolvidos em propriedades de pequenos, médios e grandes produtores, proporcionando resultados mais próximos à realidade encontrada no estado.