O objetivo da quarentena é evitar a introdução de agentes patogênicos na granja. É realizada através da permanência dos animais em instalação segregada por um período de pelo menos 28 dias antes de introduzi-los no rebanho. O ideal é que a instalação seja longe (mínimo de 500 m) do sistema de produção e separada por barreira física (vegetal). Como a forma mais comum de entrada de doenças nas granjas é através de animais portadores assintomáticos, este período serve para realização de exames laboratoriais e também para o acompanhamento clínico no caso de incubação de alguma doença. Durante a quarentena os animais e as instalações devem ser submetidos a tratamento contra ecto e endoparasitas, independentemente do resultado dos exames. Este período pode ser extendido no caso de necessidade de vacinação ou por outro motivo específico.

As instalações do quarentenário devem permitir limpeza, desinfecção e vazio sanitário entre os lotes, mantendo equipamentos e, quando possível, funcionários exclusivos.