Várias enfermidades causam prejuízos e representam ameaça à produção de frutas no Brasil. Entre estas, encontram-se as causadas por bactérias, vírus, fungos, nematoides e outros micro-organismos, cujos efeitos refletem-se diretamente sobre a produtividade, principalmente por ocasionar redução no desenvolvimento das plantas, depreciação da produção e, até mesmo, morte da planta. Para a diagnose dessas doenças existem vários processos que vão desde o exame microscópico de tecidos até o uso de técnicas como sorologia, imunofluorescência, hibridação e PCR. Duas doenças bacterianas causam sérios problemas à cultura e têm como agente causal as bacterias Xylella fastidiosa Wells e Xanthomonas arboricola pv. pruni Smith. Com relação às viroses, a literatura internacional descreve aproximadamente 60 vírus, infectando Prunus, sendo que alguns estão associados formando complexos.
Apenas cinco ou seis viroses destacam-se como problemas de importância econômica. Entretanto, apenas três viroses principais têm sido diagnosticadas em nossas regiões produtoras. Os fungos são micro-organismos não fotossintéticos, alimentando-se por absorção. Na ameixeira, incidem nas raízes, ramos, folhas, flores e frutos durante o desenvolvimento, pré-colheita e comercialização.

No inverno, o inóculo pode permanecer nos frutos secos pendurados na planta ou caídos no chão, em cancros de ramos e/ou nas gemas. Podem ser destacadas três doenças fúngicas como principais: podridão parda (Monilinia fructicola (Wint.) Honey), ferrugem (Tranzchelia discolor (Funckel) Tranz & Livt) e podridão mole (Rhyzopus stolonifer (Ehr. Fr.) Vuill). Problemas causados por nematoides assumem grande importância devido aos sérios prejuízos causados às plantas e à lucratividade do pomar. Estes organismos afetam o desenvolvimento das espécies vegetais devido à ação direta e nociva sobre o sistema radicular, podendo também, predispor a planta a outras doenças e a estresses ambientais.Entretanto, de maneira geral, a severidade com que as doenças ocorrem varia em função das condições climáticas, cultivar, localização do pomar, dos fatores que interagem com o tipo de solo, tratos culturais, ataque de insetos e estado nutricional das plantas.