O cajueiro pode ser infectado por mais de duas dezenas de doenças, a maioria delas causadas por fungos. Embora todas as partes da planta possam apresentar sintomas característicos de processos infecciosos, as doenças da parte aérea são as mais comuns pela facilidade de constatação e pelos danos que elas podem acarretar à produção. O cultivo crescente do cajueiro-anão precoce, propagado por meio de mudas enxertadas, propicia maior uniformidade genética e pode aumentar a incidência das doenças mais comuns. Como resultado, em anos em que as condições de ambiente forem favoráveis, algumas epidemias podem ser mais frequentes.

As principais doenças do cajueiro, do ponto de vista do impacto econômico, são a antracnose, a resinose e o mofo-preto - em condições de campo. A requeima e o tombamento de plântulas, em condições de viveiro, e a deterioração fúngica da amêndoa, em pós-colheita. Excetuando-se o controle químico, as medidas de controle para estas doenças ainda não têm eficiência comprovada experimentalmente. É importante salientar que apenas um princípio ativo de ação fungicida (oxicloreto de cobre) tem registro para aplicação no cajueiro, razão pela qual o produtor deve investir em medidas de prevenção.