Neste sistema, a semelhança do convencional, geralmente o preparo do solo consiste de calagem quando necessária, aração, gradagem e levantamento dos canteiros para o plantio de mudas.

Como no sistema orgânico a quantidade de calcário é limitada a no máximo 2 t.ha^-1 por ano, deve-se utilizar calcário dolomítico da melhor qualidade possível e de preferência três meses antes do plantio. As quantidades de calcário e adubos devem ser calculados com base na análise química do solo.

Quando as condições locais permitirem deve-se utilizar o plantio direto no sistema orgânico para causar o mínimo distúrbio possível nas características físicas e biológicas do solo, prescindindo-se obviamente do uso de agroquímicos.