Parte da silvicultura que se ocupa dos insetos-praga, doenças, incêndios e plantas daninhas. Estes agentes causam danos às árvores e comprometem a produtividade das plantações florestais. Os insetos e doenças podem ocorrer em viveiros para produção de mudas e também nas plantações. Os incêndios e as plantas invasoras ocorrem principalmente em plantios comerciais. As ações desenvolvidas na área de proteção florestal relacionam-se com a prevenção, monitoramento e controle de tais problemas.