Quando bem nutrida, a pupunheira pode florescer aos 3 anos, mas inicia o florescimento mais comumente aos 5 anos. Na Amazônia Central, o período principal de floração inicia em setembro, em plena época de estiagem, com amadurecimento dos frutos a partir do final de dezembro e até o inicio de março em plena época chuvosa. Em anos chuvosos, e quando a safra principal não foi muito abundante, pode ocorrer uma segunda florada, que produz uma pequena safra em junho e julho, no início da época de estiagem.  A polinização é feita principalmente por Curculionídeos do gêneros Andranthobius  na América Central, e na Amazônia por insetos do gênero Phyllotrox e Nitidulídeos do gênero Epurea.

Estudo de florescimento e frutificação da pupunha de 205 progênies com 20 anos de idade da população de Yurimáguas, Peru, no Banco Ativo de Germoplasma do Instituto Agronômico (IAC), localizado no município de Pariquera-Açú, Vale do Ribeira, estado de São Paulo. O início do florescimento foi caracterizado pelo aparecimento de 2/3 da espata floral e a frutificação foi caracterizada pelo aparecimento de frutos novos e maduros em pelo menos um cacho por planta. O florescimento ocorreu no início do mês de novembro com 28% das progênies apresentando espatas florais, e o pico de florescimento ocorreu em janeiro, com 67% das progênies apresentando espatas florais. No mês de maio, houve uma diminuição acentuada no surgimento de espatas, ocorrendo em apenas 3,90% das progênies. Quanto à frutificação, os cachos estão completamente formados com  frutos a partir de dezembro (29%), com o número máximo em fevereiro (85%), estendendo-se até maio, onde cerca de 80% das progênies apresentavam cachos.

Possivelmente, essa diminuição do número de cachos em maio pode ser devido a fortes chuvas no período, que causaram queda dos mesmos.

A capacidade de perfilhamento é uma importante característica da pupunheira, que torna possível cortes anuais de palmito em cada planta. Podem existir de 1 a 20 perfilhos em uma palmeira, sendo raro encontrar plantas que não perfilhem. O número de perfilhos está diretamente relacionado com a longevidade da touceira e com sua capacidade de regeneração.