Biodiesel é o produto da reação de gordura animal ou vegetal com álcool (ou transesterificação). Este pode ser por meio de dois tipos de tecnologias: a transesterificação e o craqueamento. 

A tecnologia mais usada no mundo é a transesterificação metílica, que mistura óleos vegetais e sebo com metanol e um catalisador para produzir biodiesel. 

O processo de transesterificação consiste na separação do óleo vegetal do glicerol. Aproximadamente 20% da molécula de óleo vegetal é glicerina, pois esta molécula apresenta três ésteres que estão ligados a uma molécula de glicerina, formando um triglicerídeo. A glicerina é responsável por deixar o óleo mais denso e viscoso. 

Com a transesterificação, a glicerina é removida do óleo vegetal, deixando-o mais fino e com menos viscosidade.  

Uma rota tecnológica alternativa para a transesterificação é o craqueamento, cuja técnica está sendo desenvolvida pela parceria da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa) com a Universidade de Brasília. 

O processo de craqueamento, também conhecido como pirólise, consiste na quebra de moléculas de triglicerídeos (presentes em óleos e gorduras) em moléculas menores, conhecidas como hidrocarbonetos. Além de apresentarem características semelhantes ao diesel de petróleo, dão origem ao biodiesel.  

Geralmente, neste processo, ocorre a formação de uma mistura composta por hidrocarbonetos saturados, insaturados ou aromáticos: cetonas, aldeídos e ácidos carboxílicos. Estes últimos são compostos oxigenados que os tornam indesejáveis à utilização do biocombustível, pois deixam o produto ácido e podem levar os motores que o utilizam à corrosão. 

Entretanto, no Brasil, a tecnologia de transesterificação é a mais utilizada nas usinas em funcionamento, mesmo tendo que melhorar algumas questões técnicas na rota etílica. Esta rota apresenta mais vantagens para o Brasil por apresentar custo reduzido na produção de etanol, uma vez que o país está entre os maiores produtores mundiais. Já o craqueamento, poderá ser utilizado em escalas comerciais assim que for feita uma validação cientifica de sua metodologia.