Diferentes quantidades de resíduos e a necessidade de biogás demandam um modelo de biodigestor adaptado à realidade da propriedade.

Existem biodigestores de produção descontínua e contínua. Na produção descontínua, uma carga de dejetos é inserida no biodigestor, que é totalmente fechado, sendo reaberto somente após a produção do biogás, havendo a retirada do biofertilizante e um novo ciclo é iniciado.

Este processo leva longos períodos (semanas e até mesmo meses). O modelo de biodigestor mais aplicado é o tubular com manta plástica.

Na produção contínua, a biomassa é colocada ao mesmo tempo em que o biofertilizante é retirado, sem que haja necessidade de abertura do equipamento. Os mais utilizados são os modelos indiano e chinês.

A localização do biodigestor deve ser feita de maneira a facilitar a distribuição do biogás pela propriedade, diminuindo os custos com armazenamento e transporte do gás. Instalar o biodigestor atrás do local de manejo é uma opção atraente, de modo que o biogás fabricado pode ser utilizado diretamente no local, demandando menos tubulações e evitando perdas de gás.  

Para otimizar a biodigestão, os dejetos devem ser manejados  de forma a manter as seguintes concentrações de sólidos totais:

•   Aves  –        7 a 9 %
•  Suínos  –     8 a 10 %
•  Bovinos  –  10 a 12 %