O maior desafio para a organização da cadeia produtiva de qualquer biocombustível é a fase agrícola do projeto, pois é a que apresenta o maior risco.

Diferentemente das matérias-primas, o setor de transformação do óleo vegetal ou do sebo animal em biodiesel usufrui de equipamentos relativamente sofisticados para o processamento, ou seja, já está consolidada sua tecnologia.

A dinâmica tecnológica da cadeia produtiva está sob o comando dos fornecedores de equipamentos, os quais detêm uma barreira baixa à entrada de novos competidores.