A produção de biodiesel possui um custo mais elevado comparado ao custo do óleo diesel mineral, devido à fase prematura em que se encontra a cadeia produtiva daquele comparado com este, que já detém uma estrutura consolidada. Para que o biodiesel chegue ao consumidor final a preços menores ao diesel e que estimule seu uso, o governo federal concedeu isenções e reduções nos impostos que incidem sobre o biodiesel.

O Decreto nº 5298, de 06/12/2004, concede isenção de IPI (Imposto sobre Produtos Industrializados) à produção de biodiesel. Já o Decreto nº 5457, de 06/06/2005, concede a renuncia fiscal para a importação e a comercialização do biodiesel.

Em relação ao PIS/COFINS (Programa de Integração Social/Contribuição para o Financiamento da Seguridade Social), o governo não concedeu isenção fiscal, a menos que o biodiesel seja processado com óleo de mamona ou de dendê plantados nas regiões Norte e Nordeste ou no Semi árido pela agricultura familiar. A concessão de redução dessas alíquotas é determinada de acordo com a matéria-prima utilizada no processo produtivo, a utilização ou não da agricultura familiar e a região onde se localiza a fábrica. Assim, ficou estabelecido uma redução de 68% para as matérias-primas cultivadas pela agricultura familiar, e de 32% para a agricultura não familiar. Esses incentivos foram concedidos pelo Decreto nº 5297, de 06/12/2004.

Nos estados, ficou estabelecido um teto de 12% para a alíquota do ICMS, para que não fique acima do que incide sobre o diesel, algo que ocorria no início do PNPB. Além disso, os estados têm autonomia de conceder outros incentivos fiscais que auxiliem o estímulo do governo federal de aumentar a produção e o consumo de biodiesel no país.