Silva et al. (2001) relatam algumas das principais doenças do pequizeiro:   

Podridão de raízes de mudas: é uma doença causada pelo fungo Cylindrocladium clavatum, que ataca as raízes das mudas, apodrecendo-as e causando-lhes a morte ou retardando consideravelmente seu desenvolvimento. Os primeiros sinais da presença desse fungo são inicialmente caracterizados pelo mau desenvolvimento das mudas, seguindo de amarelecimento e queda da folhagem. Os sintomas são caracterizados pela presença de lesões escuras no coleto (região entre o caule e as raízes que fica no nível do solo), seguidas de apodrecimento das raízes e morte da muda.

Como forma preventiva de controle, recomenda-se o uso de sacos de polietileno perfurados lateralmente e no fundo, evitando-se o acúmulo de água. Deve-se evitar regas em excesso e sombreamento das mudas.

Mal-do-cipó: causada pelos fungos Cerotelium giacomettii e Phomopsis sp., é uma doença muito comum em pequizeiros adultos da Região Centro-Oeste, podendo ocorrer também em mudas no viveiro. Até o momento, é a mais grave doença do pequizeiro.

Os sintomas em mudas são inicialmente caracterizados por um estiolamento  ou alongamento das mudas, deformações e lesões nos ramos tenros e nas folhas mais novas. Posteriormente, as  mudas secam ou param de crescer.

Em pequizeiros adultos, inicialmente, ocorre um alongamento dos internódios (entrenós do caule) e estiolamento dos ramos mais novos, fazendo com que estes se tornem muito flexíveis, retorcidos e adquirindo aspecto de cipó. Em alguns casos, podem ocorrer dilatações nas extremidades (ponta dos ramos mais novos) e escurecimento da casca dos ramos.

As folhas mais novas tornam-se encarquilhadas, com tamanho reduzido e, na maioria das vezes, apresentam numerosas lesões escuras com até 3 mm de diâmetro que podem coalescer (aderir por crescimento), provocando o escurecimento total ou parcial da folha. Com o tempo, a partir dos ramos estiolados, inicia-se o secamento que pode atingir a planta inteira, provocando a morte.

Como medidas de prevenção, recomenda-se evitar a coleta de sementes ou garfos (pontas de galhos para enxertia) de pequizeiros com essa doença. Caso a doença apareça no viveiro, eliminar as mudas com sintomas e, no caso de plantas adultas, recomenda-se podar e queimar todos os galhos afetados pela doença. Nos ferimentos provocados pela poda, deve-se pincelar uma pasta composta de 4 kg de cal hidratada e 1 kg de sulfato de cobre, diluídos em 6 litros de água.

Morte descendente: causada pelo fungo Botryodiplodia theobromae, essa doença tem sido observada com frequência em pequizeiros adultos. Os sintomas iniciam pelo secamento dos ramos mais novos, nos quais as folhas permanecem secas e retidas por até 3 meses. Posteriormente, a doença atinge os galhos, culminando com a morte da planta. Nos galhos e ramos mais novos, podem ser observadas rachaduras profundas e lesões escuras. Sob a casca de ramos, galhos ou troncos afetados pode ser observado um tecido escuro e necrosado (em decomposição), que progride no sentido da copa para a base da planta.

Como medida de controle, recomenda-se cortar e queimar os galhos secos e, sobre os cortes ou ferimentos, aplicar uma pasta composta por 1 kg de sulfato de cobre e 4 kg de cal hidratada, diluídos em 6 litros de água.

Podridão dos frutos: essa doença é associada à presença dos fungos Botryodiplodia theobromae e Phomopsis, e provoca a podridão de frutos de pequizeiro antes e após a colheita. Inicialmente, lesões escuras deprimidas podem surgir na casca ou na região do pedúnculo dos frutos. A partir dessas lesões, surge uma podridão mole e escura, que pode atingir toda a casca do fruto e o endocarpo, tornando-o escuro e com gosto amargo.