A colheita mecanizada é realizada por volta dos 200 dias após a emergência (DAE) ou quando 95% dos capulhos estão abertos e apresentam umidade em torno de 12%. Utilizam-se para isto máquinas do tipo JD 9976 (ou similar). A cada seis descargas, faz-se a limpeza dos cestos da colheitadora para aumentar a qualidade do produto colhido.

Para cada duas colheitadoras em funcionamento tem-se um equipamento auxiliar basculante denominado "Bass Boy" (dimensionamento: um para cada 600 ha). Este é composto por um chassi, dotado de uma rodagem dupla e cesto confeccionado em tela e chapa metálica, sendo tracionado por um trator de 80 CV. Após receber cerca de 200@, o Bass Boy é transladado até a prensa compactadora mais próxima (localizada na extremidade da gleba), a qual é abastecida, mediante o próprio sistema hidráulico. O uso deste equipamento permite que a colheitadora trabalhe livre e continuamente, sem necessidade de sair da sua rota para esvaziar o cesto armazenador.

A destruição da soqueira tem duas etapas: a física e a química. A física é feita com o triturador mecânico, em operação realizada imediatamente após a colheita do algodoeiro. Para a destruição química considera-se a distribuição de chuvas de cada região. Em condições mais secas, aplica-se o 2,4 D (1209 g ha^-1) imediatamente ou, no máximo, 20 minutos após a trituração mecânica. E em região relativamente mais úmida, após a destruição mecânica, depois que ocorreu a rebrota, aplicam-se simultaneamente: glifosato (960 g ha^-1) + 2,4 D (1209 g ha^-1) + óleo mineral (320 g ha^-1), utilizando-se o pulverizador. Após 30 dias, se necessário, essa aplicação pode ser repetida.