A Embrapa Agricultura Digital ocupa uma área de mais de 10 mil m2, localizada no campus da Universidade Estadual de Campinas (Unicamp), onde dispõe de um parque computacional de alto desempenho que atende uma equipe multidisciplinar de profissionais. Seu Data Center possui elevada capacidade de armazenamento e processamento de dados e oferece suporte a projetos de pesquisa de diferentes Unidades da Embrapa e programas governamentais como o Zoneamento Agrícola de Risco Climático (Zarc). 

A Unidade também dispõe de salas para reuniões e treinamentos, uma biblioteca especializada, espaço de coworking, o Escritório de Apoio a Projetos (EAP) e uma câmara de crescimento de plantas para apoiar projetos de pesquisa em modelagem e simulação, fenotipagem de plantas e mudanças climáticas.

Abriga ainda estruturas avançadas para testes e análises de alta complexidade científica, relacionados à pesquisa em bioinformática e biotecnologia, como o Laboratório Multiusuário de Bioinformática (LMB) e a Unidade Mista de Pesquisa em Genômica Aplicada a Mudanças Climáticas (UMiP/GCCRC). A partir de 2023, estabeleceu a Unidade Mista de Pesquisa e Inovação Digital em Agricultura Tropical (Umipi DITAg), caracterizada por um espaço virtual para compartilhamento de infraestruturas computacionais e equipes, em parceria com o Senai Cimatec, e também o Centro de Ciência para o Desenvolvimento em Agricultura Digital (CCD-AD), projeto multi-institucional apoiado pela Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (Fapesp).