A Embrapa Algodão conta com dez laboratórios, onde são realizadas análises de solo e água, análises de qualidade de fibras de algodão, teor de óleo de sementes e identificação de pragas e doenças associadas às culturas fibrosas e oleaginosas trabalhadas. Conta ainda com um auditório com capacidade para 120 pessoas e uma biblioteca. 
 

Laboratórios

A Embrapa Algodão dispõe de modernos laboratórios nas áreas de Solos e Água, Nutrição de Plantas, Tecnologia Química, Biotecnologia, Fisiologia Vegetal, Cultura de Tecidos, Entomologia, Fitopatologia e Tecnologia de Fibras e Fios.

Campos Experimentais

Para execução de seus projetos de pesquisa, em parceria com instituições nacionais e internacionais, a Embrapa Algodão possui campos experimentais localizados nos municípios de Monteiro e Patos (PB), Barbalha e Missão Velha (CE), Irecê (BA) além de atividades de pesquisa em outras Unidades da Embrapa, tais como, Sinop, MT (Embrapa Agrossilvipastoril), Santo Antônio de Goiás, GO (Embrapa Arroz e Feijão), Jaguariúna, SP (Embrapa Meio Ambiente), Palmas, TO (Embrapa Pesca e Aquicultura), e em instituições parceiras em Luís Eduardo Magalhães, BA (Fundação Bahia) e Uberlândia, MG (Amipa). Além disso, parcerias diversas permitem a realização de experimentos em outros locais no País.