No Amazonas, a Embrapa começou a atuar em 1974, logo após sua criação, desenvolvendo estudos com guaraná, pecuária e culturas alimentares por meio da Unidade de Execução de Pesquisa de Âmbito Estadual (Uepae-Manaus). Alinhada com as políticas nacionais que pretendiam tornar o Brasil autossuficiente na produção de borracha e com as demandas regionais, a Empresa criou, em 1975,  em Manaus, o Centro Nacional de Pesquisa e Seringueira, voltado exclusivamente para pesquisa com esta espécie, nativa da região, que foi a base da economia local nas décadas de 30 e 40. Mais tarde, em 1980, esse centro foi transformado em Centro Nacional de Pesquisa de Seringueira e Dendê (CNPSD), assumindo o Programa Nacional de Pesquisa do Dendê criado pelo Governo Federal, para desenvolver pesquisa com essa espécie identificada como de maior potencial para a produção de óleo com fins energéticos. Em atenção às mudanças nos cenários regional e nacional, decidiu-se em 1989 unificar as duas Unidades situadas no Amazonas – a Uepae de Manaus e o CNPSD. Dessa fusão, formou-se o Centro de Pesquisa Agroflorestal da Amazônia Ocidental, então chamado CPAA, que hoje tem o nome Embrapa Amazônia Ocidental, passando a atuar como um centro de pesquisa ecorregional, que inclui diversas linhas de pesquisa na agricultura.

Destacam-se atualmente diversas tecnologias e resultados de pesquisa em Piscicultura; Culturas Alimentares (mandioca, milho e feijão); Plantas Medicinais; Cultura do Cupuaçuzeiro; Cultura da Seringueira; Cultura do Guaranazeiro; Bananicultura; Citricultura; Olericultura (Hortaliças); Cultura da Palma de Óleo (Dendê); Sistemas Agroflorestais; Silvicultura e Manejo Florestal Sustentável; Agricultura sem queima e Integração Lavoura Pecuária e Floresta, dentre uma diversidade de assuntos relacionados à pesquisa agropecuária na região.