A infraestrutura da sede da Embrapa Caprinos e Ovinos em Sobral (CE), é composta por seu prédio administrativo, prédio de pesquisa , por seus três campos experimentais (Fazenda Três Lagoas, Fazenda Santa Rita e Fazenda Crioula) e por seus cinco núcleos de laboratórios: Laboratório de Ciência e Tecnologia de Alimentos, Núcleo de Bioeficiência para Produção Animal na Caatinga e Semiárido, Núcleo de Biotecnologia Aplicada e Melhoramento Genético, Núcleo de Sanidade Animal, GERELAB. A estrutura compreende também o prédio do Núcleo de Treinamento para os cursos de Residência Zootécnica. A Unidade está sediada em uma área de 1,2 mil hectares.

Campos experimentais

Núcleo de Conservação in situ de Caprinos Localmente Adaptados

Núcleo de Conservação in situ de Ovinos Localmente Adaptados

Núcleo de Conservação in situ de Caprinos e Ovinos Localmente Adaptados - Centro de Reprodutores

Núcleo de Caprinos Leiteiros - Produção

Núcleo de Caprinos Leiteiros - Cria e Recria

Laboratórios

1) Laboratório de Ciência e Tecnologia de Alimentos
- Planta Piloto de Produção de Derivados Lácteos
- Laboratório de Controle de Processos
- Laboratório de Microbiologia de Alimentos
- Laboratório de Análise Físico-Química Alimentos
- Laboratório de Bioquímica 

2)  Núcleo de Bioeficiência para Produção Animal na Caatinga e Semiárido
- Laboratório de Nutrição Animal
- Laboratório de NIRs
- Laboratório de Forragicultura
- Laboratório de Respirometria
- Laboratório de Eficiência Alimentar

3) Núcleo de Biotecnologia Aplicada e Melhoramento Genético
- Laboratório de Biologia Molecular
- Laboratório de Biotecnologia da Reprodução
- Laboratório de Tecnologia de Sêmen e Inseminação Artificial
- Laboratório de Ativos Biológicos

4) Núcleo de Sanidade Animal

- Laboratório de Patologia Clínica
- Laboratório de Bacteriologia
- Laboratório de Virologia e Cultivo Celular
- Laboratório de Parasitologia

5) Gerelab