A Embrapa Cerrados possui uma área experimental de 2130 hectares de área experimental, incluindo 700 hectares de reservas ecológicas permanentes, dividida em sete áreas. Conta com 25 laboratórios, 8 casas de vegetação, 11 núcleos de apoio à pesquisa, viveiro de plantas e 12 bancos ativos de germoplasma. A Unidade possui uma das maiores coleções de insetos do Cerrado com um acervo de 17 Ordens, 181 famílias, 24.170 espécies e mais de 100 mil exemplares, todos identificados, embora em diferentes níveis taxonômicos.

O centro de pesquisa conta também com três Ambientes Promotores de Inovação (API): Centro de Tecnologia para Raças Zebuínas Leiteiras (CTZL), Centro de Desempenho Animal (CDA) e o Centro de Inovação em Genética Vegetal (CIGV).

Nos laboratórios, são realizados testes de germinação de sementes; análises da qualidade das águas; análises químicas, físicas e biológicas dos solos; identificação de plantas com maior valor nutritivo; diagnóstico de doenças e pragas e desenvolvimento de estratégias de controle genético, cultural, químico e biológico; análises biotecnológicas; monitoramento de áreas de cultivo, por meio de processamento e análise de dados de satélites, contribuindo para a redução de riscos climáticos na produção de alimentos.