A Embrapa Mandioca e Fruticultura surgiu a partir do Instituto Agronômico do Leste (IAL), construído na década de 1950, posteriormente denominado Instituto de Pesquisa e Experimentação Agropecuária do Leste (Ipeal), vinculado ao Ministério da Agricultura, cuja missão era desenvolver tecnologias para a agricultura regional. Destacava-se, na época, o trabalho com a citricultura.

A Unidade foi instituída oficialmente em 13 de junho de 1975 com o objetivo de executar e coordenar pesquisas para o aumento de produção e produtividade, a melhoria da qualidade dos produtos, a redução dos custos de produção e a viabilização do aproveitamento de áreas subutilizadas para mandioca e fruteiras tropicais. Passou, assim, a ter uma missão focada em culturas (atualmente mandioca, citros, abacaxi, banana, mamão e maracujá) e com abrangência nacional.

O projeto de implantação da Unidade, no qual constam o programa de pesquisa e as prioridades regionais, foi elaborado com ampla participação de especialistas de diferentes estados e instituições do País, sendo aprovado pela Diretoria Executiva da Embrapa em 19 de fevereiro de 1976, quando se iniciaram, efetivamente, os trabalhos da Unidade.