A Biblioteca da Embrapa Pantanal surgiu em 1975, com a criação da Unidade de Pesquisa de Âmbito Estadual (UEPAE).

Em 1984 com a transformação da Unidade em Centro de Pesquisa, a Embrapa ganhou um novo prédio e a biblioteca passou a funcionar onde hoje está o Auditório.

Com a inauguração de um novo bloco em 1989, a biblioteca transferiu-se para um local maior.

Em maio de 2012, com a reforma da Embrapa Pantanal, a biblioteca passou a ter um novo espaço, localizado no novo bloco administrativo, com instalações amplas, mais modernas e arejadas, um espaço adequado para o acesso a mais de 30 mil títulos disponíveis para consultas, entre  livros, publicações, revistas, separatas e periódicos da pesquisa nacional nos mais variados temas: meio ambiente, pecuária, fauna e flora pantaneira, pesca e aqüicultura, agricultura familiar, sanidade animal, entre outros.